Periode Awal, 1969-1970
Paroki Santa Maria Fatima merupakan hasil pemekaran dari Paroki Santo Ignatius Magelang. Paroki ini dikelola oleh para Rama Sarikat Jesus. Para perintis paroki ini antara lain: Rama Fisher, S.J. dan Rama. R.W. Van Den Heuvel, S.J. Mereka tidak hanya melayani umat Paroki Ignatius, tetapi juga wilayah luar kota, termasuk daerah Dekil, Magelang Utara. Tahun 1969 Rama Alphonsus Martadihardjo, S.J. diutus oleh Ordo Sarikat Jesus berkarya di paroki Santo Ignatius Magelang. Ia mulai merintis pengembangan daerah Dekil dengan membeli sebidang tanah seluas 3.500m2 untuk membangun kapel. Setelah memiliki tanah yang baru, dibangunlah kapel yang masih sangat sederhana. Dindingnya terbuat dari papan dan “gedhek” anyaman dari bambu. Setelah berdiri sebuah kapel, maka setiap minggu umat mendapat pelayanan Ekaristi dari para rama yang kala itu tinggal di paroki Ignatius. Seiring berjalannya waktu, umat bertambah banyak dengan adanya baptisan-baptisan baru.

Periode Penetapan Paroki, 1971
Jumlah umat di gereja Dekil semakin bertambah banyak. Kapel sederhana di Dekil tidak lagi mampu menampung umat saat Ekaristi. Tahun 1971, Rama Alphonsus Martodihardjo, S.J. memperoleh hibah sebidang tanah seluas 3.000 m2 dari keluarga Bp. Petrus Slamet Soedradjat, yang di atasnya terdapat gudang beras. Bangunan gudang beras ini kemudian direnovasi menjadi gedung gereja; dan dibangun pula pastoran untuk tempat tinggal para rama. Pada tanggal 13 Mei 1971, dibentuklah Pengurus Gereja Papa Miskin Room Katolik, di hadapan Notaris R. M. Soeprapto di Semarang dengan akte nomor 40. Akta Pengurus PGPM ini mempunyai kekuatan hukum untuk mengurus hal-hal yang menyangkut harta benda gerejawi kepada lembaga pemerintah.

Pada tanggal 11 Agustus 1971, gedung gereja ini diberkati dan diresmikan oleh Uskup Keuskupan Agung Semarang. Pada tanggal 1 Oktober 1971, Gereja Dekil yang telah menempati lokasi baru di Jalan A. Yani No. 123 ditetapkan menjadi paroki mandiri, dengan nama Gereja Santa Maria Fatima Magelang. Peresmian paroki tersebut ditetapkan dengan surat ketetapan No. 1302/B/I/a/71. Dalam Surat Keputusan tersebut dicantumkan pula wilayah geografis yang menjadi bagian paroki Santa Maria Fatima Magelang, yakni: Kelurahan Wates, Potrobangsan, Kramat, Kedungsari, ditambah wilayah luar kota yakni: Pakis, Ngablak, Petung, Grabag dan Secang.

Perkembangan Umat
Wilayah Grabag
Wilayah ini semula merupakan bagian dari paroki Temanggung. Tahun 1953 ada baptisan baru sebanyak 10 orang di rumah Bp. Hadi Sumarto Gowak oleh Rama Theodurus Hardjowarsito S.J. Tahun 1957 rumah Bp. Doelah diberkati oleh Rama Alexander Sandiwan Broto, Pr. selanjutnya rumah ini dipakai untuk perayaan Ekaristi. Pada tahun itu pula wilayah Grabag dimasukkan ke wilayah paroki Ignatius Magelang. Tahun 1971 Stasi Maria Fatima dinyatakan menjadi paroki mandiri, maka wilayah Grabag kemudian menjadi bagian dari paroki Santa Maria Fatima Magelang.

Pada tanggal 4 Mei 1981 Wilayah St Yusup Grabag membentuk pengurus PGPM untuk mengelola aset tanah dan gedung. Akta pendirian yayasan dibuat di hadapan S. Siswandi Asivin, S.H. notaris di Semarang. Pada tahun 1989, jumlah umat di Grabag ada 150 jiwa. Karena Ekaristi di rumah penduduk sudah tidak muat, maka dibangunlah gedung gereja di halaman SMPK Pendowo, dan diberkati pada tanggal 18 Maret 1990 oleh Rama Evaristus Rusgiarto, Pr, selaku Vikep Kedu.

Wilayah Ngablak
Pada tanggal 30 Oktober 1960, untuk pertama kali, ada baptisan dua keluarga di Ngablak. Setelah itu disusul oleh beberapa keluarga yang lain, sehingga perlahan jumlah umat di wilayah Ngablak semakin bertambah. Pada tahun 1961, dibangunlah kapel Santo Petrus dan Paulus, Ngablak. Kapel tersebut diresmikan pada tanggal 27 Desember 1961. Perayaan Ekaristi dilayani secara rutin oleh rama dari paroki Santo Ignatius Magelang. Setelah Santa Maria Fatima Magelang resmi menjadi paroki mandiri, pelayanan Ekaristi dilayani oleh Rama Paroki Santa Maria Fatima Magelang. 

Kehidupan menggereja menjadi semakin baik sejak hadirnya komunitas suster CB di Ngablak pada Mei 2005. Mereka antara lain Sr. Maximilia CB, Sr. Louisiana CB seorang dokter senior, serta ada pula suster medior. Selain mengelola SMPK Pendowo Ngablak, para suster CB tersebut juga melakukan kegiatan pastoral di tengah umat. Sayang, pelayanan suster CB di Merapi Sari Ngablak tidak berlangsung lama. Setelah suster-suster senior purna tugas sementara tenaga suster muda terbatas, maka akhirnya komunitas suster CB di Ngablak, oleh konggergasi, ditutup pada 15 Juli 2009.

Wilayah Secang
Tahun 1963 di Secang untuk pertama kali diadakan misa. Perayaan Ekaristi dilangsungkan di kompleks SMPK Pendowo. Jumlah umat semakin bertambah banyak. Kemudian, di sebelah timur sekolah tersebut dibangunlah gedung gereja sebagai sarana peribadatan. Peletakan batu pertama diadakan pada tanggal 1 Januari 1989. Gereja tersebut diberkati oleh Mgr. Julius Darmaatmaja, SJ, pada tanggal 24 September 1989; dengan nama pelindung Santa Maria Regina Pacis, Secang.

Wilayah Pakis
Pada tahun 1968, ada 17 orang dari Pakis menerima baptisan di Susteran CB Magelang, oleh Rama Paroki Santo Ignatius. Mereka menjadi cikal bakal umat katolik di daerah Pakis. Setahun kemudian, tahun 1969, di daerah Kwiden Pakis, ada baptisan baru sebanyak 84 orang. Umat katolik di Pakis semakin bertambah jumlahnya. Pelayanan Ekaristi dilayani oleh Rama Paroki Santo Ignatius. Pada tahun 1976, dibangunlah kapel Pakis. Kapel ini dibangun di tanah hibah dari keluarga Bp. Soewarta seluas 310 m2 dan diberkati serta diresmikan pada tanggal 5 Desember 1976, dengan nama Kapel Elisabeth, Pakis.

Wilayah Petung
Tahun 1983 ada baptisan di daerah Petung. Beberapa keluarga telah menjadi katolik. Kemudian ada keluarga yang menghibahkan tanah. Di lokasi tersebut kemudian dibangunlah kapel. Tahun 1984 Kapel Santo Yusup Petung diresmikan dan diberkati oleh Rama Wolfgang Bock Kastowo, SJ. Tahun 1985 ada baptisan masal sebanyak 50 orang di Petung. Umat di Petung sebulan sekali menerima pelayanan Ekaristi oleh Rama Paroki Santa Maria Fatima Magelang.

Wilayah Kaponan
Pada tahun 1986 sudah ada beberapa umat katolik di daerah Kaponan. Semula mereka menggereja bersama umat di wilayah Pakis. Namun karena jumlah umat semakin bertambah banyak, maka ada keluarga yang rela menghibahkan tanahnya untuk mebangun gereja. Pada 1992 dibangunlah kapel Pakis. Pada tanggal 2 Mei 1992 kapel tersebut diberkati oleh Mgr. Julius Darmaatmaja, S.J. dan diresmikan oleh Bupati Magelang Bp. Mohamad Solichin. Kapel tersebut di beri nama Kapel Beato Rupert Mayer, Kaponan.

Estafet Pelayanan dari Serikat Yesus kepada Imam Diosesan
Pada tanggal 13 Oktober 1996, bertepatan dengan pesta perak Paroki Santa Maria Fatima Magelang, reksa pastoral paroki, yang semula dikelola oleh para Rama Sarikat Yesus diserahkan kepada Rama Diosesan melalui Keuskupan Agung Semarang. Penyerahan itu ditandai dengan pengangkatan Rama Arcadius Haridarsono Benowo, Pr, sebagai pastor Kepala Paroki Santa Maria Fatima Magelang menggantikan Rama Tarcisius Widiyana, S.J. Tahun 2000 Romo Johanes Chrisostomus Tri Nugroho Wismapranata, Pr, menambah kamar pastoran di bagian luar sebelah utara gedung gereja. Tahun 2005 Dewan Paroki Santa Maria Fatima Magelang membeli 2 petak tanah di sebelah barat gedung gereja seluas 500 m2. Dari tanah seluas itu, telah ada bangunan seluas
300 m2, sisanya lahan kosong. Bekas bangunan rumah penduduk itu, kemudian direnovasi dan dipergunakan sebagai pastoran sampai sekarang. Sedangkan bangunan bekas pastoran lama, pada tahun 2017 direnovasi dan difungsikan sebagai ruang rapat dan kegiatan pastoral oleh Pastor Yosef Supriyanto, Pr.

Pemekaran Wilayah Ngablak menjadi Kuasi Paroki
Pada tanggal 13 Agustrus 2019 Wilayah Ngablak dimekarkan menjadi Kuasi Paroki, dengan surat ketetapan dari Bapak Uskup Agung Keuskupan Agung Semarang No.0938/B/I/b-81/19. Dalam surat keputusan tersebut ditegaskan wilayah kuasi Ngablak meliputi: Ngablak, Kaponan, Pakis, Petung dan Getasan. Tujuan pemekaran adalah agar umat di seputar “Sabuk Merbabu “ dapat semakin terlayani dengan maksimal. Dengan pemekaran tersebut, maka penggembalan umat wilayah Ngablak, Kaponan, Pakis, dan Petung lepas dari paroki Santa Maria Fatima dan ditangani oleh oleh Rama Kuasi Paroki Ngablak. Untuk mendukug pemekaran calon paroki baru tersebut, tahun 2019 dibangunlah gedung aula baru agar dapat dipergunakan untuk kegiatan pastoral. Sedangkan gedung pastoran telah disiapkan dan dibangun pada tahun 2016.